Mungesa e ligjit qe definon dhe rregullon punën e bashkësive fetare po krijon vështirësi.

Në 2006 është hartuar, shkel e shko, një Ligji për Liri Fetare i cili nuk arriti as ti definon subjektet mbi të cilin ligji ushtrohet. Procesi i përgatitjes së këti ligji ka qen jo transparent dhe nënet e tij u trafikuan dhe u kontrabanduar nga zyrtar të UNMIK-ut pa procedur mirëfillët, në erësirë. Këtë ligj, për fat të keq, Kuvendi e miratoj mendjelehtësisht dhe e hapi perudhen e paligjësisë të ligjësuar në domenin e kirive fetare. Bashkësitë Fetare mbetën të pa regjistruar duke punuar ilegalisht. Pasojat e pa rregullimjt të lëmisë u reflektuan në shum fusha dhe nga kjo situatë përfituan anmiq të Kosovës, terrorista, pësoj rejtingu i Kosovës si një vend me  mirëbesim  ndërfetar.

Projektligji i cili e ka tentativen që ti rrrgullon këto qështje është tash më në proceduren e katër legjistraturave të fundit të Kuvendit të Kosovës. Ky Projektligj është i punuar pas konsultimeve të gjëra, ku është përfshirë edhe institucioni ndërkombëtar i Komisionit të Venecias. Projektligji në formen e vet  e mundëson sanksionimin dhe identifikimin e Bashkësive Fetare ku kësi herri nuk është “harrua” BTK.